4月13日，据《variety》报道，《神奇动物3》中涉同性对白“我当时爱着你”和“我和盖勒特坠入爱河的那个夏天”在中国内地院线版被删减，对此该片片方华纳兄弟回应:“虽然被要求删减6秒钟，但这部电影的精神仍然完好无损。”

此外，华纳兄弟表示，“作为一家制片厂，我们致力于保护我们每部电影的完整性。但从历史角度来看，我们要为中国市场做出小删改。对于《神奇动物3》而言，影片虽然被要求删减6秒钟，但这部电影的精神仍然完好无损。我们希望全球各地的观众都能观看和享受这部影片，中国观众对我们而言也很重要，即便片中存在这些小删改。”